Der „Fusionsparteitag“ der beiden Landesverbände fand am 8. März 1986 statt; auf diesem Parteitag wurde eine Satzung für den neuen Landesverband verabschiedet sowie ein gemeinsamer Landesvorstand gewählt. Die beiden Landesverbände Westfalen-Lippe und Rheinland bestanden jedoch weiter, da erst ein Bundesparteitag durch Änderung der Bundessatzung den neuen Landesverband CDU NRW rechtswirksam werden lassen konnte.

Erster Landesvorsitzender nach dem Fusionsparteitag wurde Prof. Dr. Kurt Biedenkopf; sein erster Stellvertreter Dieter Pützhofen. Im Mai 1987 wurde Norbert Blüm neuer Landesvorsitzender der CDU NRW. Mit der personellen Neuformierung wurde eine strukturelle Korrektur vorgenommen, so wurde das Amt des ersten stellvertretenden Vorsitzenden abgeschafft zugunsten eines Landes-Generalsekretärs. Von 1999 bis 2010 führte Dr. Jürgen Rüttgers den größten Landesverband der CDU Deutschlands. Unter seiner Führung gelang es der CDU, im Mai 2005 nach 39 Jahren in Nordrhein-Westfalen wieder an die Regierung zu kommen. Nach der Landtagswahl 2010 stellte Jürgen Rüttgers seine Ämter zur Verfügung. Zur Frage, wer neuer Landesvorsitzender werden soll, wurde im Oktober 2010 eine Mitgliederbefragung durchgeführt. Bei einer Beteiligung von über 52 Prozent der Mitglieder ging Dr. Norbert Röttgen aus der Befragung als Sieger hervor, der 32. Landesparteitag am 6. November 2010 in Bonn wählte Röttgen schließlich zum Landesvorsitzenden. Noch am Abend der Landtagswahl 2012 übernahm Norbert Röttgen die Verantwortung für das Wahlergebnis und kündigte an, nicht mehr für das Amt des Landesvorsitzenden zu kandidieren. Der 34. Landesparteitag am 30. Juni 2012 in Krefeld wählte Armin Laschet zum neuen Vorsitzenden.

Erster Generalsekretär der CDU in NRW wurde Dr. Helmut Linssen (1987 – 1991). Nachfolger von Linssen wurde 1991 Herbert Reul, der bis 2003 das Amt des Generalsekretärs innehatte. Ihm folgte im Frühjahr 2003 Hans-Joachim Reck, der das Amt bis zum 31. März 2006 ausübte. Sein Nachfolger wurde Hendrik Wüst, der das Amt des Generalsekretärs zum 1. April 2006 übernahm. Von März bis November 2010 war Andreas Krautscheid Generalsekretär der CDU Nordrhein-Westfalen. Oliver Wittke folgte als Generalsekretär von November 2010 bis Juni 2012. Bodo Löttgen war anschließend bis zur erfolgreichen Landtagswahl 2017 Generalsekretär. Seit Juli 2017 ist Josef Hovenjürgen Generalsekretär der CDU Nordrhein-Westfalen.

Seit dem 27.Oktober 2021 ist Hendrik Wüst Ministerpräsident von Nordrhein-Westfalen. Nach der gewonnenen Landtagswahl im Mai 2022 schloss sich die NRW-CDU mit den Grünen Nordrhein-Westfalen zur Zukunftskoalition zusammen und Hendrik Wüst wurde erneut zum Ministerpräsidenten von Nordrhein-Westfalen gewählt.